Ainda temos muito para descobrir sobre a forma como os quarks e os gluões formam as partículas que observamos, e esse é o objectivo da linha de investigação Estrutura de Matéria do LIP. O grupo Partons & QCD está actualmente envolvido na experiência COMPASS, desenhada para estudar a estrutura do hadrões, e também na preparação das próximas etapas do programa experimental de alvo fixo do CERN; O LIP tem a única equipa experimental portuguesa que irá explorar a fronteira entre a física nuclear e a física de partículas na nova instalação FAIR no GSI, onde está profundamente implicada nas experiências HADES e R3B.